Bên cạnh đó, Bộ dự kiến các tỉnh sẽ tổ chức thi tốt nghiệp THPT 2009 theo cụm và hoán đổi bài thi giữa các đơn vị; khâu chấm thi sẽ được Bộ tổ chức chấm chéo giữa các tỉnh nhằm đảm bảo công bằng, khách quan. Việc tổ chức thi theo cụm sẽ được giao các tỉnh tự quyết định nhằm đảm bảo mỗi cụm thi phải có ít nhất 3 trường THPT. Với những trường THPT thuộc địa bàn khó khăn không thể tổ chức thi liên trường được tổ chức thi tại chỗ. Tuy nhiên, địa phương phải có báo cáo Bộ để tăng cường lực lượng thanh tra để kỳ thi diễn ra nghiêm túc.

Về phần đề thi tốt nghiệp năm nay có phần chung cho tất cả thí sinh và phần riêng ra theo chương trình chuẩn và chương trình nâng cao. Nhiều ý kiến lo ngại rằng, học sinh học chương trình nâng cao sẽ không đạt điểm cao bằng học sinh học chương trình chuẩn. Ông Trần Văn Kiên, Cục phó Cục Khảo thí & Kiểm định chất lượng Bộ GD&ĐT cho biết: Nội dung đề thi tốt nghiệp THPT nằm trong chương trình THPT hiện hành, chủ yếu là chương trình lớp 12, kiểm tra được kiến thức cơ bản, năng lực vận dụng kiến thức, sự hiểu biết của người học, phù hợp với đối tượng thí sinh và thời gian quy định.